Ως προπονητής έχει διατελέσει για 4 χρόνια (1998-2002) περιφ. ομοσπονδιακός προπονητής των Εθνικών Ομάδων Νέων και Ελπίδων, συνεργάτης του Ότο Ρεχάγκελ.
Επίσης έχει διατελέσει προπονητής στις ομάδες Λαμία, Ολυμπ. Λιοσίων, Χαλκίδα, Αχαρναϊκό και Θήβα.
Μετά την ανάληψη των καθηκόντων του ο κ. Αυλωνίτης προέβη στην ακόλουθη δήλωση:
«Αναλαμβάνω με μεγάλο αίσθημα ευθύνης την τεχνική ηγεσία ενός τόσο ιστορικού και ποδοσφαιρικά ένδοξου συλλόγου. Με την κοινή προσπάθεια διοίκησης, προπονητικού επιτελείου, ποδοσφαιριστών και φιλάθλων είμαι σίγουρος ότι η ομάδα θα επιτύχει τον στόχο της και θα καταλάβει μία από τις υψηλές θέσεις της τελικής βαθμολογίας. Από την πλευρά μου υπόσχομαι να καταβάλλω όλες μου τις δυνάμεις προς αυτή την κατεύθυνση γιατί πιστεύω ότι ο ΠΑΝΑΡΓΕΙΑΚΟΣ αξίζει και οφείλει να πρωταγωνιστεί σε αυτήν την κατηγορία στην οποία κακώς βρίσκεται. σήμερα»
